Es preferible para la seguridad de los franquiciadores y franquiciados, así como por la propia franquicia, proteger la marca en sus tres modalidades (denominativa, gráfica y mixta por separado) de esta manera se protege el conjunto de la marca y, la denominación y logotipo sin vinculación alguna otro elemento visual y denominativo respectivamente que pueda provocar el acceso al mercado de otra marca parcialmente similar en uno de estos aspectos.

También y atendiendo que la apariencia del establecimiento (externa y/o interna eriv sea el caso) es fuertemente original, atractiva y distintiva se debe proteger la apariencia del negocio, es decir el establecimiento (marcas tridimensionales o arquitectónicas y diseños industriales) así como el mobiliario utilizado si éste es especial por su forma o utilidad.

No hay que olvidar en la apariencia o uniforme de algunos de estos establecimientos, muchas veces las personas trabajando en los mismos utilizan una vestimenta o uniforme de diseño asociada a la franquicia, pues bien este diseño, según los casos, debe ser protegido de copias y derivaciones mediante el consiguiente registro.

Finalmente, es posible que exista un método comercial o conocimiento específico de un producto o servicio que pueden considerarse como secreto industrial. Estos, como su nombre indica, sin secretos y no pueden registrarse ya que, de un lado el registro hace público todo aquello que se patenta o registra, y de otro lado porque las ideas de negocio o métodos comerciales "per se" no son protegibles, por lo que la protección debe tener en cuenta otros aspectos y hábitos.
La protección debe materializarse en contratos de confidencialidad caso por caso y específicos incluso dentro de la misma empresa o relación de franquicia tanto mientras dure el contrato de franquicia así como cuando este se haya extinguido, es importante describir lo que es secreto, restringir el acceso de personas a ciertos documentos o instalaciones, la duración del deber de secreto, devolución de documentación entregada.

Incluso es importante tener constancia fehaciente del material entregada e información comunicada.
En fin, que una franquicia, debe vender también seguridad jurídica a los franquiciados debiéndose sentir estos respaldados jurídicamente frente a interferencias o copias que mermen la imagen, el valor y los productos o servicios ofertados por la franquicia y, consecuentemente su capacidad comercial y de negocio.
Para todo ello es necesario tener convenientemente protegidos los aspectos mencionados: la marca, el logotipo, la imagen, la apariencia de los establecimientos, productos y posibles los secretos industriales y comerciales que compongan y venda la franquicia.